La basilica di san Francesco d’Assisi, è il luogo che dal 1230 conserva e custodisce le spoglie mortali

del santo serafico.

Voluta da papa Gregorio IX  quale speciali ecclesia venne insignita dallo stesso pontefice del titolo 

di Caput et Mater  dell’ ordine minoritico e contestualmente affidata in perpetuo agli stessi frati.

La Basilica di San Francesco d'Assisi fu eretta sulla tomba del Santo  due anni dopo la sua morte.
La scelta del luogo di edificazione era vincolata dalla volontà del defunto, che già in vita aveva espressamente chiesto di essere sepolto sulla collina in cui erano tumulati i senza legge. L'edificio assolveva alla doppia funzione di accogliere le spoglie di San Francesco, e dare lustro ad un ordine appena nato, ma già importante per quanto riguardava la spinta innovativa nel mondo ecclesiastico. Questo aspetto assume maggiore importanza se si considera che i frati francescani erano diventati il legame fondamentale tra le gerarchie ecclesiastiche ed i ceti umili. 

La Basilica di San Francesco è strutturata in due parti: superiore ed inferiore. 
La Basilica Superiore funge da luogo di preghiera, mentre quella Inferiore ha funzione commemorativa. Le ragioni dell'esistenza della Basilica Inferiore sono da ricercarsi nella tradizione cristiana, secondo la quale si era soliti seppellire i santi nelle cripte. L'edificio che doveva ospitare le spoglie di San Francesco, vista la sua fama mondiale, doveva assolvere ad alcuni compiti principali, tra cui quello di essere abbastanza capiente da contenere un grande numero di fedeli e pellegrini. Per questo motivo la normale cripta è stata allargata fino ad estendersi per tutta la superficie della Basilica Superiore. I lavori di costruzione della basilica iniziarono nel 1228 da Gregorio IX, e furono completati nel 1253, sotto Innocenzo IV.

Molto importanti dal punto di vista artistico sono gli affreschi raffiguranti la vita di San Francesco, dalla conversione fino al momento in cui è stato canonizzato. Sono riportati anche alcuni eventi miracolosi attribuiti al Santo post mortem. Tali affreschi adornano la fascia inferiore della navata della Basilica Superiore, attribuiti a Giotto da alcuni studiosi.